Les geeks de GeoNature carburent

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GeoNature - ateliers techniques sept 2018 à Montpellier - AFB - Parc national des Écrins - Parc national des Cévennes
La suite logicielle open source créée par les parcs nationaux pour la gestion et la diffusion des données naturalistes s'améliore grâce aux contributions de ses nombreux utilisateurs. Une quarantaine d'entre eux était réunie les 25 et 26 septembre derniers à Montpellier, dans les locaux de l’Agence Française pour la Biodiversité. Ce premier atelier technique GeoNature était organisé par les Parcs nationaux des Écrins et des Cévennes qui présentaient pour l’occasion sa version 2.0.

Dans les coulisses de la collecte des données naturalistes, des bases de données et des développeurs permettent leur gestion et leur diffusion. Ainsi, "GeoNature" est une suite logicielle open source développée par les parcs nationaux français pour leur système d'informations Biodiversité. L’application a initialement été développée par le Parc national des Ecrins en 2014 pour répondre à ses besoins croissants en terme de saisie, gestion et diffusion des données faune et flore. Le site Biodiv'Ecrins, atlas de la faune et de la flore du Parc national des Ecrins, en a été la première traduction.

A l'invitation des parcs nationaux, ce sont environ 40 géomaticiens et développeurs qui étaient réunis les 25 et 26 septembre 2018 à Montpellier, dans les locaux de l’Agence Française pour la Biodiversité. Différentes structures sont intéressées par cet outil de gestion et diffusion des données : des gestionnaires d'espaces naturels (Parcs nationaux, Parcs régionaux, conservatoires botaniques et d'espaces naturels, Réserves naturelles..), institutions (DREAL, UMS PatriNat), associations (LPO, Flavia, Nature En Occitanie, Société Herpétologique de France, Association des naturalistes de l'Ariège...) et sociétés privées (Natural Solutions). Ces deux jours d’ateliers techniques autour de cette suite logicielle open source auront permis aux participants de se former et d’échanger autour de GeoNature qui sortait pour l’occasion en version 2.0.

GeoNature a été construit autour de plusieurs briques logicielles développées au fil des années :

  • modules web et mobile de saisie métiers : « Contact faune et flore », « Flore station et proritaire » et « Mortalité »
  • module de consultation centralisée des données : « Synthèse »
  • module de gestion des référentiels utilisateurs et taxonomique : « UsersHub » et « TaxHub »
  • module de diffusion auprès du grand public : « GeoNature-atlas »

… le tout formant un « système d’informations » complet autour des données de biodiversité.

Depuis 2017, une refonte totale de l'application a été amorcée pour permettre aux parc nationaux français de restructurer leurs « systèmes d’informations » faune/flore autour de GeoNature. La nouvelle mouture GeoNature V2 se veut plus générique, plus modulaire et davantage appuyée sur les standards partagés du Muséum National d’Histoire Naturelle (Taxref, Standard Occurrence de Taxon, Metadonnées etc...).

Après un an de travail sur l’outil, dont la base de données et les technologies ont complètement été revues, le workshop était l’occasion de présenter aux structures intéressées, les nouveautés de la version 2.

Workshop GeoNature 2018

Formation et partages de compétences

Le workshop a débuté par une session d’installation de l’outil. Les participants, venus avec leurs serveurs ou leurs machines personnels ont déployé une instance de GeoNature V2 pour leur structure. L’assemblée s’est ensuite séparée en deux ateliers. Dans un atelier "base de données" animé par Gil Deluermoz et Camille Monchicourt, l’accent a été mis sur la compréhension du modèle de données. A travers plusieurs exercices d’imports de données naturalistes dans GeoNature, les participants ont pu progressivement s’approprier l’outil. Une seconde session a permis de déployer collectivement en une après-midi un atlas de la biodiversité (à partir du module GeoNature-atlas) intégrant les données du Parc national des Calanques.

L’équipe de l’atelier développement animé par Théo Lechémia et Amandine Sahl s’est attelée à créer un module GeoNature pour la mise en place du protocole Capture-Marquage-Recapture. Dans sa version 2.0, GeoNature a en effet été pensée comme une boite à outils : sur la brique centrale, chaque structure peut venir brancher son propre protocole de saisie qu’elle intègre à GeoNature à la manière d’une extension... qui peut aussi servir aux autres utilisateurs.

Workshop GeoNature 2018

Naissance d’une communauté et synergie de l’open source

La collaboration et l'enrichissement mutuel des outils via l'open source avait déjà été expérimentée dans les parcs nationaux pour la gestion des sentiers et la valorisation des itinéraires, avec l'outil Geotrek, dont la communauté continue de s'agrandir.

Lire à ce sujetRencontres Geotrek, le numérique au service de la valorisation des territoires - octobre 2017

Au-delà de l’aspect technique, ce workshop a permis à de nombreuses structures de se rencontrer et de faire émerger une communauté autour de GeoNature. La modèle de développement open source a encore une fois démontré son intérêt, puisque plusieurs structures ont déjà lancé des projets de développement de modules GeoNature, qui bénéficieront à toute la communauté. Le PNR de Normandie-Maine finance actuellement un module de validation et le Parc national des Cévennes un module d’export et d’interopérabilité des données en collaboration avec l'Agence Française pour la Biodiversité.

Workshop GeoNature 2018

D’autres projets sont également dans les tuyaux, comme « GeoNature-citizen », un module de collecte citoyenne qui a été amorcé par la LPO Auvergne-Rhône-Alpes, et qu’un financement du Parc national du Mercantour et du syndicat mixte Camargue Guardoise viendra compléter. Ce module aura notamment pour vocation de mobiliser les citoyens et d’alimenter les « ABC » (Atlas de la Biodiversité Communal). Une version mobile du module de saisie « Occtax » (occurrence de taxon) est également en cours de préparation pour remplacer les anciennes applications GeoNature-mobile (Parc national de la Vanoise), ainsi que plusieurs modules de suivi de la flore et des habitats, pilotés par le CBN Alpin.

Les nombreux retours des participants du workshop ont également permis d’identifier des pistes d’amélioration de l’outil, dont l’intégralité des développements peut être suivi sur la plateforme GitHub du projet

Une version de démonstration de l’outil est disponible ici (identifiant et mot de passe : admin)

Pour en savoir plus sur GeoNature : geonature.fr

A lire aussi : 

Biodiv'Ecrins, la connaissance en direct - novembre 2016